우리나라 농약 안전성 연구는 지난 1962년부터 시작되었으며 1990년대 이전까지 농약의 급성독성, 자극성, 급성 어독성 등 급성독성 위주의 자료를 요구하여 독성을 구분하였다. 반복 노출에 의한 독성시험은 주로 JMPR 보고서 등 선진국의 독성 성적 요약서를 받았으나 특별한 평가는 하지 않았다. 그러나 1990년대 자몽의 잔류농약 사건을 계기로 국내 농산물에 대한 위해성평가가 강화되기 시작했다.
일본농약초록, 유럽 및 미국 평가보고서 등이 만들어지기 시작하면서 우리나라에 제출되는 독성성적도 요약보고서 수준으로 상당히 개선되었고, 1993년도에 화학농약과 생물농약에 대한 평가기준을 설정하였다. 1997년에는 농약 고시제에서 등록제가 되었으며, 1일섭취허용량(ADI) 개념을 도입하고 안전성소위원회 자료작성 시 독성항목별로 평가한 검토 자료를 제출하였다.
2000년에는 바이엘크롭사이언스에서 세계 최초로 등록 신청한 펜트라자마이드에 대한 평가보고서 작성을 시작으로 국내에서도 간단한 독성평가보고서를 만들기 시작하였다. 이때부터 농약의 인·축에 대한 독성은 물론 환경과 주변 농업생태계에 대한 독성까지 시험성적을 종합적으로 평가하여 안전성이 확보될 때 생산과 사용을 허가하기 시작하였다.
현재 국립농업과학원은 이미다클로프리드(Imidacloprid) 등 농약원제 506종, 가스가마이신 액제 등 농약품목 2,071종에 대한 안전성평가를 완료했으며, 농약등록 신청자료의 심의관리, 농약의 인축독성·환경생물독성·생물활성·이화학성·잔류성 평가 및 평가기준 개선 연구, 농약의 사용실태 모니터링을 통한 사후관리를 수행하고 있다. 특히 등록 농약에 대한 평가를 선진화하기 위해 OECD 등 국제기관과의 협력을 통한 과학적이고 효율적인 평가 기반을 조성하고 있다.
아울러 등록 신청농약 및 안전성재평가 대상 농약의 등록평가를 위하여 이화학, 약효약해, 잔류, 독성 등 각 전문 분야별로 검토한 후 내·외부 전문가로 구성된 농약전문위원회의에 상정하여 등록 여부를 결정하고 있다.