지역특화작목 연구개발 및 육성 종합계획 이전에도 각 지역마다 특화작목을 꾸리고 대표브랜드로 발전시키기 위한 연구는 꾸준히 이루어졌다. 1990년대부터 수행해 온 ‘지역농업연구기반 및 전략작목육성’ 사업이 대표적인 예다. 지역마다 특화작목연구소를 중심으로 연구가 이루어지면서 복숭아와 딸기, 파프리카, 장미 등 일부 작목은 수출에 특화된 고소득 작목으로 성장하기도 했다. 대표적인 예가 충청남도의 딸기 작목이다. 2005년만 해도 국내 재배 면적의 80% 이상이 일본 품종인 육보와 장희가 차지했다. 그러나 논산 딸기연구소에서 설향이 개발, 보급된 것을 시작으로 국내 품종 점유율이 95%에 달하는 성과를 냈다. 그 외에도 충남의 토마토, 전북의 파프리카, 경남의 화훼 등에서 신품종을 육성·보급하고 가공제품을 개발하는 등 농가의 경제적 이익을 꾀할 수 있는 연구들이 진행되었다.
그러나 지역특화작목의 제한적 발굴과 집중적인 투자의 부족으로 다수의 작목이 시장경쟁력을 확보하는 데에는 한계가 있었다. 전국 생산과 지역특화 생산이 혼재되어 있다 보니 하나의 작목을 시장 규모화 시키는 것도 지역 특화작목연구소 개개의 힘으로만 진행하기 어려운 것도 아쉬운 점이었다. 이러한 한계점을 극복하기 위해 제1차 지역특화작목 연구개발 및 육성 종합계획에서는 기반강화, 시장경쟁력, 농가소득이라는 세 가지 분야에서 육성 기본방향을 세웠다.
연구 인프라를 고도화하는 것부터 지역특화작목을 발굴하고 성숙한 뒤 자립, 재발굴 체계를 순환적으로 밟아나갈 수 있도록 성장 기반을 확립하는 것이 첫 번째다. 또한 지역별 특화작목의 생산액과 수출액 규모를 2배 이상 증대 시켜 지역별로 시장경쟁력이 높아진 특화작목을 지역적으로 다수 확대하고자 한다. 기존에는 국가작목의 경쟁력을 강화해 각 지역마다 국가작목을 받아들이고 육성하는 방식이었다. 그러나 이제는 지역별로 개성 있는 특화작목을 육성하면서 다양한 작목의 특화잠재력을 발현시킬 수 있도록 기회를 확보해야 한다는 공감대가 이루어졌다. 또한 이런 정책 투자가 특화작목을 키우는 생산농가의 소득 증대로 돌아갈 수 있도록 현장 확산의 활성화와 현장 모니터링을 강화하는 것도 이번 종합계획의 방향성으로 수립되었다.